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最近phpでssiを使うことがあったのだが、httpd.confの書き方で挙動が違うことを経験したので覚書。
通常、SSIを通場合、AddType text/html .shtml などと書くが、この記述がPHPのAddTypeより後に書かれているとPHPとして実行されない（PHPコードがそのまま出力される）ということがおきるようです。ちょっと悩んだ結果試しに記述位置を入れ替えてみたら、SSI、PHPともに実行されたので一旦OK。
どうしてそうなるのか、細かく調べたいところだけど、一旦OKとしましょう（汗）

AddType text/html .shtml .html .php
AddOutputFilter INCLUDES .shtml .html .php

AddType application/x-httpd-php .php
AddType application/x-httpd-php-source .phps